پیش بینی ساختار دوم RNA با استفاده از الگوریتم SetPSO
توضیحات تکمیلی
پیش بینی ساختار دوم RNA با استفاده از الگوریتم SetPSO پیش بینی ساختار دوم آر ان ای (RNA) یکی از حوزه های مهم بیوانفورماتیک می باشد و روش های مختلفی برای آسانتر کردن تعیین ساختار RNA ارائه شده است. RNA یک نوکلئیک اسید می باشد که در ساختار سلول موجودات زنده نقش های مهمی بر عهده دارد. دانستن ساختار RNA نقش بسیار تعیین کننده ای در فهمیدن کارکرد یک رشته RNA دارد. تعیین ساختار دوم رشته RNA بوسیله روشهای مختلف کامپیوتری به طور متوسط سریع تر و ارزان تر از روش های آزمایشگاهی است. این پایان نامه بر آن است الگوریتم SetPSO را که یک الگوریتم بهینه سازی بر پایه کار با مجموعه هاست و از رویکرد مینیمم سازی سطح انرژی استفاده می کند, برای پیش بینی ساختار دوم مولکول RNA معرفی کند. فهرست : فصل اول : مختصری راجع به مولکول RNA ساختار شيميايی نوکلئيک اسيدها ريبو نوکلئيک اسيد يا RNA پروتئين سازی, مهمترين وظيفه RNA رونويسی ترجمه ساختار اول RNA ساختار دوم RNA مولفه های ساختار دوم RNA نحوه نمايش ساختار دوم RNA ساختار سوم RNA مشخص کردن ساختار طبيعی مولکول RNA رويکرد مقايسه ای رويکرد مينيمم سازی سطح انرژی رويکرد گرامرهای مستقل از متن قوانين ترموديناميکی و مدل های مختلف ترموديناميکی فصل دوم : الگوريتم SetPSO الگوريتم PSO SetPSO فضای مساله و موقعيت ذرات عملگر جمع عملگر تفريق عملگر فاصله الگوريتم SetPSO مقدار دهی اوليه به ذرات تغيير سرعت ذرات به روز رسانی وضعيت ذرات پارامترهای الگوريتم SetPSO Closing probability Random add probability ضريب بی نظمی ميزان تنوع فصل سوم : پيش بينی ساختار دوم SetPSO با استفاده از الگوريتم RNA نمايش ذرات پيدا کردن استم های ممکن در يک رشته و تشکيل مجموعه فراگير U مقدار دهی اوليه به ذرات روند اجرای الگوريتم در يک نگاه پيچيدگی محاسباتی نتايج به دست آمده واژه نامه منابع و مراجع