فایل بررسی ژنهای TTK و ARMC3 و TPTE در بافت های بیماران سرطان پستان

توضیحات

فایل بررسی ژنهای TTK و ARMC3 و TPTE در بافت های بیماران سرطان پستان
این پایان نامه در قالب فرمت word قابل ویرایش ، آماده پرینت و ارائه به عنوان پروژه پایانی میباشد
چکیده :
مقدمه: سرطان پستان هنوز شايعترين سرطان در بين زنان می باشد. بیومارکرهایی که در بافت سرطانی بیان می شوند نقش مهمی درتشخیص، پیش آگهی و پاسخ به درمان دارند. ژن‌های سرطانی- بیضه‌ایی غالبا در بافت نرمال بیضه بیان می‌شوند ولی بیان برخی از آنها در انواعی از سرطان‌ها نیز گزارش شده است. چون بیضه یک مکان محافظت شونده از سیستم ایمنی می‌باشد، در صورت بیان این ژن‌ها در تومور می توان از آنها به عنوان اهداف‌ مناسبی برای ایمونوتراپی سرطان پستان استفاده کرد.
روش بررسی: پس از اخذ تعداد 95 نمونه شامل40 نمونه توموری، 40 نمونه مجاور تومور و 15 نمونه نرمال نمونه از بانک زیستی، استخراج RNA از آنها انجام گرفت. سپس RNA های استخراج شده DNase Treatment شده و از روی آنها cDNA ساخته شد و با روش Real-Time PCR، بیان ژنهای ARMC3, TPTE,TTK به همراه ACTB (کنترل داخلی) مورد بررسی قرار گرفت.
نتیجه: 43.6% از بافت توموری و 25.6% بافت مجاور تومور رونوشت ARMC3 را بیان کردند. ARMC3 در 41% از نمونه های تومور افزايش بيان و در 46.2% كاهش بيان داشته است. همچنین بیان این ژن در 12.8% از نمونه های توموری بدون تغيير بود. این تغییرات از لحاظ آماری معنی دار بودند. 21.6% از بافت توموری و 8.1% بافت مجاور تومور رونوشتTPTE را بیان کردند. TPTE در 34.1% از نمونه های تومور افزايش بيان و در 58.5% كاهش بيان داشته است. همچنین بیان این ژن در7.3% از نمونه های توموری بدون تغيير بود. این تغییرات در هر سه گروه معنی دار بودند. 50% از بافت توموری و 20% بافت مجاور تومور رونوشت TTK را بیان کردند. TTK در 45% نمونه های تومور افزايش بيان و در 50% كاهش بيان داشته است. همچنین بیان این ژن در 5% از نمونه های توموری بدون تغيير بود که در گروههای افزایش و کاهش بیان معنی دار بودند. لازم به ذکر است که هیچ نمونه نرمالی ژنهای مورد بررسی را بیان نکرد و نیز تمامی نمونه‌ها ژن ACTB را بیان کردند.
بحث: از انجایی که این ژنها دارای بیان بالاتری در نمونه توموری نسبت به مجاور تومور بوده و نیز از انجا که در نمونه نرمال هیچ بیانی نداشتند حائز اهمیت می باشند. همچنین بیان برخی از این ژنها در بافت مجاور تومور ممکن است با مرحله سرطانی شدن مرتبط و شاید به این دلیل باشد که این بافتها تحت تاثیر تغییرات انکوژنیک و اپی ژنتیک سرطان پستان قرار می گیرند. با توجه به این نکات شاید بتوان از این ژنها به عنوان کاندیدی جهت مارکر‌های زیستی مناسب برای سرطان پستان در نظر گرفت.
کلمات کلیدی: سرطان پستان، ژن‌های سرطانی- بیضه ایی، مارکر زیستی، ایمونوتراپی
فهرست مطالب
فهرست مطالب i
فهرست جداول v
فهرست اشکال vii
فصل اول: مقدمه و اهمیت موضوع 1
1-1: مقدمه 2
1-2: اهمیت موضوع وضرورت انجام تحقیق 3
1-3: اهداف طرح 4
1-3-1: هدف کلی 4
1-3-2: اهداف فرعی 4
1-3-3: اهداف کاربردی 5
1-4: فرضیات 5
فصل دوم: مروري بر مطالعات انجام شده 6
2-1: آناتومی و فیزیولوژی پستان 6
2-1-1: ساختار و عملکرد پستان 7
2-1-2: گردش خون پستان 8
2-1-3: تخلیه لنفاوی پستان 9
2-1-4: عصب رسانی پستان: 9
2-1-5: ناهنجاری‌های پستان 9
2-1-6: بیماری‌های خوش خیم پستان 9
2-2: سرطان پستان 10
2-2-1: شيوع سرطان پستان در جهان و ايران 10
2-2-2: کلیت سرطان پستان 11
2-2-3: سرطان درجا يا غيرتهاجمي 11
2-2-4: سرطان مهاجم پستان 12
2-2-5: علل ايجاد سرطان پستان 14
2-2-6: علائم سرطان پستان 16
2-2-7: تشخيص سرطان پستان 17
2-2-8: رده بندی سرطان پستان 19
2-2-9: درمان سرطان پستان 21
2-2-10: سرطان عود كننده پستان 24
2-2-11: سرطان پستان در مردان 24
2-3: ژنتیک سرطان 25
2-3-1:سرطان 25
2-3-2: انکوژن‌ها 26
2-3-3: ژنهای سرکوب کننده تومور 29
2-3-4: اختلالات تنظیم چرخهی سلولی در سرطان 29
2-3-5: P53 محافظ ژنوم 31
2-3-6: نقش BRCA1/2 31
2-3-7: نقص در ماشین ترمیم 32
2-3-8: توانایی تحریک رگزایی و متاستاز تومورهای بدخیم 32
2-3-9: بررسي ماركرها در خون افراد مبتلا به سرطان پستان 32
2-4: آنتي ژنهاي سرطانی- بيضه ایی 33
2-4-1: کلاسه بندی ژنهای سرطانی-بیضه ای 34
2-4-2:تنظيم بيان آنتي ژنهاي سرطانی – بيضه ایی 35
2-4-3: عملکرد ژنهای سرطانی-بیضه ای 35
2-4-4: ايمونوژنيسيته آنتي ژنهاي سرطانی- بيضه ایی 35
2-4-5: ژنهای مورد بررسی: ARMC3, TPTE, TTK 36
2-5: مباني تئوريك در Real-Time PCR 38
2-5-1. کنترل داخلی : 39
فصل سوم: مواد و روش ها 41
3-1: نمونه گیری 42
3-1-1 .روش جمع آوری و تعداد نمونه ها 42
3-2.استخراج RNA از نمونه بافتهای جمع آوری شده 43
3-2-1 . محلول های مورد نیاز 43
3-2-2. روش استخراج RNA از بافت 43
3-2-3 .روش الکتروفورز کردن نمونه RNAبر روی ژل آگارز 8/0 درصد 45
3-2-4. ظهور باندهای RNAبر روی ژل 45
3-3. تیمار RNA جهت حذف DNA ژنومی 45
3-4 .سنتز cDNA از RNA استخراج شده از بافت 46
3-5. طراحی پرایمر و پروب و بررسی کیفیت آنها : 46
3-5-1. غلظت بهينه پرايمر 47
3-5-2. آناليز منحني ذوب: 48
3-5-3. غلظت بهينه پروب: 48
3-5-4. تهيه سريال رقت به منظور بررسي كارائي پرايمرها : 48
3-6-. انجام تکنیک Real-Time PCR بر روي نمونه هاي مورد مطالعه : 48
3-6-1. تجزيه و تحليل نتايج بدست آمده از Real-Time PCR: 50
3-7. نحوه تجزيه و تحليل داده ها: 51
فصل چهارم: نتایج و یافته ها 52
4-1. اطلاعات دموگرافیک جمعیت مورد مطالعه 53
4-2 :آنالیز RNA 54
4-2-1 :آنالیز کمی RNA 54
4-2-2 :آنالیز کیفی RNA 54
4-3. آنالیز کمی RNA تیمار شده 55
4-4. بهینه سازی پرایمرها 56
4-4-1. آناليز منحني ذوب: 58
4-4-2.تعيين غلظت مناسب پروب: 59
4-5. نتايج Real-Time PCR 60
4-5-1. آمار توصيفي: 60
4-6. درصد بیان ژن ARMC3 63
4-7. درصد بیان ژن TPTE 65
4-8. درصد بیان ژن TTK 67
4-9. بررسی درصد بیان همزمان ژن‌های سرطانی- بیضه‌ایی 69
فصل پنجم: . بحث، نتیجه گیری و پیشنهادها 70
پیشنهادات 74
Abstract: 76
References: 77
فهرست جداول
جدول3-2: دستورالعمل انجام واکنش بر اساس کیت سازنده 49
جدول3-3 :جدول برنامه زماني Real-timePCR 49
جدول 4-1. خلاصه ای از اطلاعات دموگرافیک. 53
جدول 4-2 :نتایج اندازه گیری غلظت RNA در چند نمونه مجاور تومور و تومور 54
جدول 4-3 . نتایج غلظت RNA تیمار شده در چند نمونه تومور و مجاور تومور 55
جدول4-4: توالي پرايمر و پروب استفاده شده در روش Real-Time PCR 56
جدول4-5 : چرخه هاي آستانه براي ژنها با غلظت هاي مختلف پرايمر 57
جدول 4-6: غلظت های بهینه پرایمر و پروب ها 58
جدول4-7: آمار توصيفي چرخه هاي آستانه. 60
جدول4-8: درصد بیان ARMC3 در نمونه های نرمال، تومور و مجاور تومور. 63
جدول4-9: درصد تغییرات بیان ARMC3 در نمونه تومور نسبت به مجاور 63
جدول4-10: ميانگين ct در بيان ARMC3 در گروههای مختلف بیانی. 64
جدول4-11 :تفاوت بيان ARMC3 در سه گروه افزایش، کاهش و عدم تغییر. 64
جدول4-12: درصد بیان TPTE در نمونه های نرمال، تومور و مجاور تومور. 65
جدول4-13: درصد تغییرات بیان TPTE در نمونه تومور نسبت به مجاور 65
جدول4-14: ميانگين ct در بيان TPTE در گروههای مختلف بیانی. 66
جدول4-15: تفاوت بيان TPTE در سه گروه افزایش، کاهش و عدم تغییر بیان. 66
جدول4-16: درصد بیان TTK در نمونه های نرمال، تومور و مجاور تومور. 67
جدول 4-17: درصد تغییرات بیان TTK در نمونه تومور نسبت به مجاور 67
جدول4-18. ميانگين ct در بيان TTK در گروههای مختلف بیانی. T 68
جدول4-19: تفاوت بيان TTK در سه گروه افزایش، کاهش و عدم تغییر بیان. 68
جدول4-20: بررسی درصد بیان همزمان ژن‌های سرطانی- بیضه‌ایی در نمونه‌های توموری 69
فهرست اشکال
شکل 1-1: شماتیکی از ساختار میکروسکوپی پستان 8
شکل1-2: ARMC3 داراي 19 اگزون می باشد 37
شکل 3-1. نمایی از برنامه دمایی دستگاه مورد استفاده 50
شکل 4-1. ظهور باندهای18S و 28SRNA ریبوزومی حاصل از الکتروفورز نمونه های RNA بر ژل اگارز 8/0% 55
شكل4-2. نتايج اوليه بهينه سازي پرايمرها. 57
شکل4-3: منحني ذوب سمت راست ARMC3 وسط TPTE سمت چپ TTK 58
شکل 4-4. نتیجه انجام الکتروفورز بر روی محصولات PCR. 59
شکل 4-5. نمایی از Amplification Plot ژنهای مورد بررسی. 62